겸영사업자 공통매입세액 안분·정산·재계산과 의제매입세액

문제

【문제 4】 물음 2)

<자료 2> 다음은 과세사업(과일통조림 제조판매사업)과 면세사업(과일판매사업)을 겸영하는 (주)한국(중소기업)의 2026년 제2기 부가가치세 과세기간의 자료이다. (단, 2026년 제1기 이전의 부가가치세 신고는 적법하게 이루어졌고, 별도의 언급이 없는 한 제시된 금액은 부가가치세가 포함되지 않은 금액이며 세금계산서 및 계산서는 적법하게 발급 및 수취한 것으로 가정한다.)

1. 과세기간별 공급가액

과세기간	과세사업	면세사업	계
2025년 제2기	₩1,200,000,000	₩400,000,000	₩1,600,000,000
2026년 제1기	1,314,000,000	486,000,000	1,800,000,000
2026년 제2기 7.1. ∼ 9.30.	700,000,000	300,000,000	1,000,000,000
2026년 제2기 10.1. ∼ 12.31.	796,000,000	404,000,000	1,200,000,000

2. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하던 건물A와 부수토지를 2026.10.1.에 ₩539,500,000(부가가치세 포함)에 양도하기로 계약을 체결하였으며, 2026.12.10.에 잔금을 지급받고 소유권이전등기를 하였다(이 금액은 상기 ‘1. 과세기간별 공급가액’에 포함되어 있지 않음). 건물A와 부수토지의 공급가액의 구분은 불분명하다. 단, 건물A는 취득시 사용면적을 기준으로 매입세액을 공제하였으며, 취득일(2020.1.1.) 이후 사용면적비율(과세사업 60%, 면세사업 40%)은 변동이 없다. 양도일 현재의 가액(부가가치세 제외 금액)은 다음과 같다.

구분	취득가액	장부가액*1)	기준시가*1)	감정가액*2)
건물A	₩250,000,000	₩200,000,000	₩250,000,000	₩300,000,000
토지	100,000,000	100,000,000	150,000,000	160,000,000

*1) 2026.10.1. 가액임 *2) 2025.12.20. 감정평가법인의 감정가액임

3. 세금계산서 수취분 매입세액(2026년)

구분	제1기	제2기 7.1. ∼ 9.30.	제2기 10.1. ∼ 12.31.
과세사업	₩43,000,000	₩23,000,000	₩25,000,000
면세사업	22,000,000	15,000,000	18,000,000
공통매입세액1*1)	6,000,000	10,000,000	12,000,000
공통매입세액2*2)	24,000,000	20,000,000	16,000,000
계	₩95,000,000	₩68,000,000	₩71,000,000

*1) 기계장치1(2026.3.11. 취득), 기계장치2(2026.7.10. 취득) 및 기계장치3(2026.10.2. 취득)의 매입세액으로서 취득 이후 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하고 있으며 실지귀속을 확인할 수 없다. *2) 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 건물B의 신축공사를 2026.1.2.에 착공하여 2026.12.20.에 완공하였으며, 이와 관련된 매입세액이다. 단, 건물B 신축 관련 공통매입세액2는 예정사용면적비율(과세사업 70%, 면세사업 30%)로 안분계산하였으며, 2026.12.20.에 실제사용면적(과세사업 65%, 면세사업 35%)이 확정되었다.

4. 2026년 제2기 과세기간 중 과일의 매입과 사용 내역은 다음과 같으며, 의제매입세액 공제요건을 충족한다. (주)한국은 과일의 매입시기가 한 과세기간에 집중되는 법인이 아니다. (단, 의제매입세액 공제율은 4/104이며, 공제한도는 고려하지 않는다.)

구분	2026.7.1. ∼ 2026.9.30.	2026.10.1. ∼ 2026.12.31.
기간초일 과일재고액*1)	₩13,000,000	₩31,200,000
과일 매입액	187,760,000	201,688,000
과일 판매로 사용	64,000,000	61,600,000
과일통조림 원료로 사용	105,560,000	134,888,000
기간말일 과일재고액*2)	₩31,200,000	₩36,400,000

*1) 2026년 제1기말 과일재고액으로서 2026년 제1기 확정신고시 면세사업과 과세사업에 대한 실지귀속을 확인할 수 없었으며(2026년 제1기 의제매입세액은 공제한도 이내임), 2026년 제2기 예정신고기간(2026.7.1. ∼ 2026.9.30.) 중 과일박스에 포장하여 전부 과일로 판매하였다. *2) 면세사업과 과세사업에 대한 실지귀속을 확인할 수 없다.

5. 2025.10.5.에 공급가액 ₩50,000,000의 운반용 트럭을 취득하여 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하고 있다.

물음 2) <자료 2>를 이용하여 (주)한국의 2026년 제2기 부가가치세 예정신고시와 확정신고시의 부가가치세 납부세액을 작성하여 답안 양식에 해당 항목(① ∼ ⑤)을 제시하시오. (12점) ① 확정신고 매출세액 ② 예정신고 의제매입세액 ③ 확정신고 의제매입세액 ④ 확정신고 공통매입세액 안분계산(공제받지 못할 매입세액) ⑤ 확정신고 공제받지 못할 매입세액 계

핵심 키워드

• 일괄공급 안분: 기준시가 모두 있으면 기준시가, 감정가액은 직전 과세기간 개시일(2026.1.1.) 이후 평가분만
• 사용면적으로 매입세액을 안분한 공통사용 건물 공급 → 사용면적비율(60%) 로 과세표준
• 2026년 제2기 면세비율 = 704/2,200 = 32%, 예정 30%, 제1기 27%, 2025년 제2기 25%
• 재계산: 면세비율 5%p 이상 증감, 감가상각자산 체감률 25%(과세기간마다)
• 의제매입세액 = (과세사업 사용분 + 귀속불명 재고 × 과세비율) × 4/104, 확정 시 정산

답안

항목	금액
① 확정신고 매출세액	₩99,100,000
② 예정신고 의제매입세액	₩4,535,000
③ 확정신고 의제매입세액	₩5,300,000
④ 확정신고 공통매입세액 안분계산	₩8,640,000
⑤ 확정신고 공제받지 못할 매입세액 계	₩30,240,000

1. ① 확정 매출세액

• 건물A·토지 안분(기준시가 250:150, 건물 과세분에만 부가가치세 6%): 539,500,000 = 토지 150k + 건물 250k + 250k × 60% × 10% → k = 1,300,000
  • 건물 325,000,000, 토지 195,000,000(면세), 부가가치세 19,500,000
  • 건물 과세표준 = 325,000,000 × 60% = 195,000,000 → 매출세액 19,500,000
• 10~12월 과세 공급가액 796,000,000 × 10% = 79,600,000
• ① = 79,600,000 + 19,500,000 = ₩99,100,000 (예정 매출세액 70,000,000)

2. ②·③ 의제매입세액

• 예정: (통조림 원료 105,560,000 + 기말 귀속불명 31,200,000 × 예정 과세비율 70%) × 4/104 = 127,400,000 × 4/104 = 4,900,000
  • 제1기말 귀속불명 재고 13,000,000을 전부 과일(면세)로 판매 → 제1기에 공제한 13,000,000 × 73% × 4/104 = 365,000 차감
  • ② = 4,900,000 − 365,000 = ₩4,535,000
• 확정(과세기간 전체 정산): (통조림 원료 105,560,000 + 134,888,000 + 기말 귀속불명 36,400,000 × 68%) × 4/104 = 265,200,000 × 4/104 = 10,200,000
  • ③ = 10,200,000 − 예정 공제 4,900,000 = ₩5,300,000

3. ④·⑤ 공제받지 못할 매입세액(확정)

항목	계산	금액
(3) 면세사업	10~12월	18,000,000
(4) 공통매입세액 안분	기계장치3 12,000,000 × 32% + 건물B 16,000,000 × 30%	8,640,000
(5) 정산	기계장치2 10,000,000 × 32% − 예정 3,000,000 = 200,000 / 건물B 60,000,000 × 35% − (7,200,000 + 6,000,000 + 4,800,000) = 3,000,000	3,200,000
(6) 납부세액 재계산	기계장치1 6,000,000 × (1 − 25%) × (32% − 27%) = 225,000 / 트럭 5,000,000 × (1 − 25% × 2) × (32% − 25%) = 175,000	400,000
(7) 계		30,240,000

• 예정신고 시 공통매입세액 안분: 기계장치2 10,000,000 × 30% = 3,000,000, 건물B 20,000,000 × 30%(예정사용면적) = 6,000,000
• 트럭은 제1기(27%, 증가 2%p)에는 재계산하지 않았고 제2기에 2025년 제2기 대비 7%p 증가로 재계산

근거

• 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호: 토지와 건물의 기준시가가 모두 있으면 공급계약일 현재 기준시가로 안분하되, 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 그 과세기간 종료일까지 평가한 감정가액이 있으면 감정가액으로 안분한다.
• 시행령 제63조 제2항: 사용면적비율로 매입세액을 안분·재계산한 공통사용재화를 공급하면 직전 과세기간 사용면적비율로 과세표준을 계산한다.
• 부가가치세법 제40조·제41조, 시행령 제81조·제82조: 공통매입세액은 공급가액 비율로 안분하고 예정신고 분은 확정신고 시 정산하며, 건물 신축은 예정사용면적비율로 안분한 뒤 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산한다.
• 시행령 제83조: 감가상각자산은 면세비율이 직전 계산 과세기간보다 5%p 이상 증감하면 체감률(건물 5%, 그 밖의 자산 25%)을 반영해 납부세액을 재계산한다.
• 부가가치세법 제42조, 시행령 제84조: 과세사업에 사용한 면세농산물의 의제매입세액을 공제하고, 공제 후 면세사업에 사용하면 공제한 금액을 차감한다.